Lần thứ ba liên tiếp bị người Đức đánh bại, ở World Cup 2014. Messi tiếp tục chuỗi ngày buồn ở kỳ World Cup thứ ba anh tham dự. Sau một mùa giải vật lộn với chấn thương ở Barca, phong độ của anh bị hoài nghi. Tuy nhiên, Messi nhanh chóng chứng tỏ vị thế của ngôi sao số một giải đấu.

Ở trận ra quân thắng Bosnia & Herzegovina 2-1, anh kiến tạo một bàn và ghi một bàn. Trận thứ hai gặp Iran, Messi ghi bàn duy nhất ở phút bù giờ giúp Argentina giành vé đi tiếp. Trận cuối gặp Nigeria, Messi lập cú đúp giúp đội nhà thắng 3-2. Vào vòng 1/8, Messi kiến tạo bàn thắng ở phút bù giờ giúp Argentina đánh bại Thụy Sĩ. Anh khởi đầu pha bóng dẫn đến bàn thắng duy nhất giúp đội nhà đánh bại Bỉ 1-0 ở tứ kết. Argentina thắng Hà Lan trên chấm luân lưu để vào chung kết gặp Đức.

Hình ảnh Messi trong trận đấu đó làm gợi nhớ lại hình ảnh của Maradona trong trận chung kết World Cup 1990. Cầu thủ hay nhất thế giới đấu với đội bóng hay nhất thế giới khi đó và Messi đã không thể thắng. Mario Gotze ghi bàn duy nhất ở phút 113 mang về chiến thắng 1-0 cho Đức.